Con Piqueras como líder, tras su estela se situaron los también españoles Adrián Fernández y David Almansa (Honda), en tanto que el líder del mundial, el colombiano David Alonso (CFMoto), se tuvo que conformar con la octava posición, si bien fue tercero en la jornada inaugural del viernes.
Aunque sin lluvia en esos instantes iniciales de la mañana, el asfalto del trazado de Motegi amaneció completamente mojado , lo que obligó a los pilotos de Moto3 a saltar al mismo con neumáticos de agua y rodando a un ritmo muy lejos del de la primera jornada, por lo que los registros de referencia iban a ser los del primer día. Las condiciones del asfalto no eran las mejores y todos los pilotos debieron extremar las precauciones para no sufrir una caída en un suelo bastante deslizante, algo que no pudieron evitar el japonés Taiyo Furusato (Honda), que se cayó en la curva nueve y no pudo recuperar su moto, como tampoco poco después y en ese mismo punto, su compatriota Tatsuki Suzuki (Husqvarna).
Así, sin rebajar los tiempos de la primera jornada, lograron el pase a la segunda clasificación Iván Ortolá (KTM), Ángel Piqueras (Honda), David Alonso (CFMoto), Ryusei Yamanaka (KTM), Tatsuki Suzuki (Huqvarna), Joel Kelso (KTM), David Almansa (Honda), Adrián Fernández (Honda), Collin Veijer (Husqvarna), Matteo Bertelle (Honda), José Antonio Rueda (KTM), Filippo Farioli (Honda), Daniel Holgado (Gas Gas) y Luca Lunetta (Honda), en tanto que tendrán que pasar por la primera clasificación para conseguir uno de los cuatro primeros puestos, los que dan acceso a la segunda clasificación, pilotos como David Muñoz (KTM), Stefano Nepa (KTM), Taiyo Furusato (Honda), Scott Ogden (Honda), Jacob Roulstone (Gas Gas) o Joel Esteban (CFMoto) y Xabi Zurutuza (KTM).
